Serinin ikinci filminde Ajan K, son görevinden sonra Man in Black'i bırakıp sivil hayatına geri dönmüştür. Hareketli günleri geride bırakan ajan, hala mesleğinin en yetkin ajanlarından biridir. Ajan J ise görevine halen devam etmekte ve son zamanlarda sıradan bir dosya üzerinde çalışmaktadır. İncelemesine devam ettikçe ortaya çıkan bulgular, bu sıradan görünen davanın altında yatan gerçeklerin bir hayli tehlikeli olduğunu gösterir. Ajan J'nin, bu davayı çözebilmek için Ajan K'ya ihtiyacı vardır...